Contabilidade para Saúde — A partir de 75€/mês

Por Hugo Ribeiro, Contabilista Certificado (OCC) · HVR Business Consulting · Lisboa

A contabilidade para profissionais e empresas de saúde em Portugal custa entre 75€ e 900€/mês na HVR em 2026. Três bandas: Profissional Independente a partir de 75€/mês (médico, dentista, fisio, psicólogo a recibos verdes), Clínica Pequena a partir de 180€/mês (sociedade 2–4 profissionais), e Clínica Multidisciplinar / Dentária com Equipamento Pesado a partir de 450€/mês (também aplicável a farmácias e laboratórios). Domínio da isenção IVA art. 9 CIVA, retenção 11,5%, ATCUD/SAF-T e facturação SNS/seguradoras (ADSE, Médis, Multicare).

Pacotes — Contabilidade Saúde 2026

PacoteBanda mensalPara quemInclui
Profissional Independente75–125€
a partir de 75€
Médico, dentista, fisio, psicólogo, nutricionista, enfermeiro a recibos verdesIVA isenção art. 9, retenção 11,5%, Segurança Social, simulação simplificado vs organizada
Clínica Pequena / Sociedade 2–4 Profissionais180–350€
a partir de 180€
Clínicas pequenas, consultórios em sociedade (Lda)Contabilidade organizada, payroll, IVA misto, facturação SNS e seguradoras
Clínica Multidisciplinar / Dentária / Farmácia / Lab450–900€
a partir de 450€
Clínicas dentárias com equipamento pesado, multidisciplinares, farmácias, laboratóriosStock control, IVA split, INFARMED/ANF, leasing equipamento, analítica por especialidade

Preços sem IVA. Sem custos de activação. Preço final dentro de cada banda definido em diagnóstico gratuito, consoante volume documental, número de prestadores e complexidade da facturação.

IVA no Sector da Saúde — Artigo 9.º CIVA

A maioria dos serviços médicos e paramédicos está isenta de IVA ao abrigo do artigo 9.º do Código do IVA (CIVA). Esta isenção abrange:

  • Consultas médicas (medicina geral, especialidades, dentária)
  • Cirurgias e internamentos hospitalares
  • Análises clínicas e imagiologia
  • Fisioterapia, psicologia, terapia da fala e terapia ocupacional
  • Enfermagem e serviços de saúde ao domicílio

Atenção: serviços não médicos prestados em contexto clínico (estética sem fins terapêuticos, spa, nutrição desportiva) estão sujeitos à taxa normal de 23%. A venda de medicamentos está sujeita a IVA de 6%. É fundamental classificar correctamente cada serviço para evitar correcções fiscais.

Retenção na Fonte para Médicos Independentes

Médicos e profissionais de saúde que emitem recibos verdes (categoria B do IRS) a entidades com contabilidade organizada ficam sujeitos a retenção na fonte de 11,5% (actividades da lista do art. 151.º CIRS). Esta retenção é entregue à AT até ao dia 20 do mês seguinte pelo adquirente do serviço.

Para médicos com rendimentos elevados ou despesas significativas (aluguer de consultório, equipamentos, seguros profissionais), a contabilidade organizada é geralmente mais vantajosa do que o regime simplificado, pois permite deduzir os custos reais ao rendimento tributável.

Regime Simplificado vs Contabilidade Organizada para Médicos

No regime simplificado (disponível para ENI com faturação até 200.000€/ano), o IRS incide sobre 75% da faturação bruta — sem possibilidade de deduzir despesas reais. Na contabilidade organizada, o IRS incide sobre o lucro real (receitas menos custos documentados). A contabilidade organizada compensa tipicamente quando:

  • As despesas profissionais ultrapassam 25% da faturação
  • O médico tem custos fixos relevantes (renda de consultório, equipamento, pessoal auxiliar)
  • O rendimento anual supera 40.000–50.000€

A HVR faz a simulação comparativa gratuita para cada caso.

Contabilidade de Clínicas e Consultórios em Sociedade

Clínicas constituídas como sociedade (Lda. ou Unipessoal Lda.) têm obrigações adicionais:

  • Contabilidade organizada obrigatória com Contabilista Certificado
  • Processamento salarial de médicos, enfermeiros e auxiliares
  • Controlo de stocks de materiais clínicos e medicamentos
  • Facturação diferenciada ao SNS, seguradoras e particulares com regimes de IVA distintos
  • Declarações fiscais: IVA (mensal ou trimestral), IRC, IES, Modelo 22
  • Relatórios de gestão com indicadores de produtividade por médico e por especialidade

O Que a HVR Inclui para o Sector da Saúde

  • Classificação correcta de serviços isentos vs tributados em IVA
  • Processamento de recibos verdes médicos e retenções na fonte
  • Contabilidade de clínicas com múltiplos prestadores e regimes fiscais
  • Facturação ao SNS e seguradoras (ADSE, Médis, Multicare, Allianz)
  • Simulação regime simplificado vs contabilidade organizada
  • Processamento salarial com isenções específicas do sector
  • Apoio em inspecções tributárias e pedidos de informação da AT

Pacotes a partir de 75€/mês para profissionais independentes, 180€/mês para clínicas pequenas e 450€/mês para clínicas multidisciplinares, dentárias com equipamento pesado, farmácias e laboratórios.

Perguntas Frequentes

Os serviços médicos estão isentos de IVA?

Sim, ao abrigo do artigo 9.º do CIVA. Inclui consultas, cirurgias, análises, fisioterapia e psicologia. Serviços estéticos sem fins terapêuticos pagam 23%. Medicamentos pagam 6%.

Qual a retenção na fonte para médicos independentes?

11,5% sobre recibos verdes emitidos a entidades com contabilidade organizada (art. 151.º CIRS). Entregue à AT até ao dia 20 do mês seguinte.

Regime simplificado ou contabilidade organizada?

Depende das despesas profissionais. Se ultrapassam 25% da faturação ou o rendimento supera 40.000-50.000€/ano, a contabilidade organizada é geralmente mais vantajosa. A HVR faz a simulação comparativa gratuita.

A HVR trabalha com clínicas e hospitais?

Sim. Temos experiência em clínicas médicas, dentárias, farmácias e laboratórios. Tratamos da contabilidade completa incluindo facturação ao SNS e seguradoras.

Precisa de contabilidade especializada para saúde? Contacte a HVR — diagnóstico gratuito em 24 horas.